Mosflm
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/home/graeme/CVS/dna/scheduler/Scheduler/Mosflm/Mosflm.py

Mosflm.py
# Maintained by G.Winter
# Part of the second version of the scheduler code - version 1.1
# 19th January 2004

# This section of the code will inherit from Driver to create a task to 
# control the program Mosflm.


# $Id: Mosflm.html,v 1.1 2004/10/01 12:15:56 gwin Exp $

 
Modules
       
Background
Bits
Config
Driver
Exist
Expert
Output
Screen
Translation
XSD
copy
dna_httplib
exceptions
os
pprint
pyxie
re
string
sys
time
traceback

 
Classes
       
Driver.Driver
Mosflm
exceptions.Exception
MosflmException

 
class Mosflm(Driver.Driver)
    a class to execute Mosflm
 
  Methods defined here:
__init__(self)
autoindex(self, input, jpeg=0)
Perform a parallelised indexing task, indexing each of the images
defined in the input individually and then all at once
integrate(self, input)
Integrate a set of data, in batches of n images, in parallel
realAutoindex(self, input, jpeg)
realIntegrate(self, input)
Actually integrate a batch of images
refine(self, input)
Perform a cell refinement - this is assumed to be something where
we will only perform one at a time, so there is no need to operate
this job in parallel (i.e. split the task)
screen(self, input)
Perform the screening step for Autoindex - this will ask the
DiffractionImage module to screen each image in turn and will
appropriately handle the error reporting etc.
single_integrate(self, input)
strategy(self, input)
Compute a strategy based on the previous indexing and the
input information

Methods inherited from Driver.Driver:
close(self)
Close the connection to the child process - this will simply
close the input channels, so that we can be sure that this is
flushed - the equivalent of ^D
debug(self)
getExecutable(self)
getWorkingDirectory(self)
input(self, line, newline=1)
Print a line to the standard input channel of the child process
kill(self)
Terminate the child process - this is designed to implement the
abort type method - so will be useful if the child process gets
stuck in a tight loop, which may happen
output(self)
Read a line from the standard output of the child process
pause(self)
Stop a process in its tracks, to allow restarting later on
setExecutable(self, executableName)
setInputCopy(self, method)
setOutputCopy(self, method)
setTimeout(self, value)
setWorkingDirectory(self, directory)
start(self, command=None)
Make a connection to the child process - which involves opening
a pipe to it
unpause(self)
Restart a stopped process

 
class MosflmException(exceptions.Exception)
    An exception for Mosflm
 
  Methods defined here:
__init__(self, args)
get(self)

Methods inherited from exceptions.Exception:
__getitem__(...)
__str__(...)

 
Data
        Messenger = <Messenger.Messenger instance>
Somewhere = <Somewhere.Somewhere instance>
XML_utils = <XML_utils.XML_utils instance>
dna = '/home/graeme/CVS/dna'