Expert
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# Expert.py
# Maintained by G.Winter
# A component of the Expert system for DNA.
# 20th January 2004

# This part is the beginnings of the expertise for DNA.



# $Id: Expert.html,v 1.1 2004/10/01 12:15:56 gwin Exp $

 
Modules
       
Checks
Crystallographer
Vector
XSD
dna_httplib
math
os
pprint
pyxie
re
string
sys

 
Functions
       
AnalyseFALLOFF(falloff_data)
Analyse the output from the program FALLOFF
AnalyseIntegrateResponse(integrate_response)
Analyse an integrate response to get information out for instance
the resolution of the data or the number of reflections
CheckHeadersAreConsistent(image1, header1, image2, header2)
Compare the contents of the two headers with the numbers
image1 and image2 and see if the two are consistent
ClimbTree(penalty, lattices, this, penalties, up)
ConsiderBestStrategy(mosflm_strategy, best_strategy)
Combine the results from the Mosflm strategy and the BEST strategy
ConsiderIndexResponses(index_response_dict)
A method to compare a dictionary of index responses indexed by the
image number from which they were determined, and -1 for the
result of the combined indexing
ConsiderIntegrateResponses(response_dict)
Combine the results from many integrate responses
ConsiderScaleReflectionsResponse(scale_reflections_response)
ConsiderStrategyResponse(index_response, strategy_response)
Digest the strategy response into something a little more manageable
ConsiderUnconstrainedOrientation(a_matrix)
This will consider the contents of an orientation matrix (a*, b*, c*)
from indexing and have a stab at the lattice. The matrix is a dictionary
keyed by 11, 12, 13, 21, 22, 23, 31, 32, 33.
CreateHeader(first, image0, this)
Create an appropriate image header for this based on image0
DetectScrewAxes(axial_reflections)
Detect axial reflections from the autocorrelation of axial
reflections
EstimateResolution(integrated_image)
Guess the resolution of the data from an integrated image
GuessIOverSig(peaklist)
Guess an appropriate i/sigma value to use for auto indexing
LookForTwinningAcentric2(listOfValues)
Look for signs of twinning in the second acentric moments
from TRUNCATE
Score(lattice)
SelectImagesForAutoindex(header, images)
Takes the header from the first image and a list of
available images
SelectImagesForCellRefinement(header, mosaic, images)
Takes the header from the first image, the mosaic spread
and a list of available images - this assumes you want two wedges
index_response_interpretation(index_parameters, index_response)
nint(f)

 
Data
        Messenger = <Messenger.Messenger instance>
SchedulerDNAConfig = <SchedulerDNAConfig.SchedulerDNAConfig instance>
Somewhere = <Somewhere.Somewhere instance>
XML_utils = <XML_utils.XML_utils instance>
dna = '/home/graeme/CVS/dna'