ImageD11.peaksearcher
index
c:\python25\lib\site-packages\imaged11\peaksearcher.py

Script for peaksearching images from the command line
 
Uses the connectedpixels extension for finding blobs above a threshold
and the blobcorrector(+splines) for correcting them for spatial distortion
 
Defines one function (peaksearch) which might be reused

 
Modules
       
numpy.oldnumeric
ImageD11.blobcorrector
fabio.file_series
glob
os
sys
time

 
Classes
       
timer

 
class timer
     Methods defined here:
__init__(self)
tick(self, msg='')
tock(self, msg='')

 
Functions
       
get_options(parser)
Add our options to a parser object
peaksearch(filename, corrector, thresholds, outputfile, labims, dark=None, flood=None, darkoffset=10)
file_series : fabio file series object, supports iteration
 
corrector : spatial and dark/flood , linearity etc
 
thresholds : [ float[1], float[2] etc]
 
outputfile : the 2d output file, name+".spt"
           : the 3d output files name+"_threshold.flt"
peaksearch_driver(options, args)
To be called with options from command line
sqrt(...)
sqrt(x)
 
Return the square root of x.

 
Data
        OMEGA = 0
OMEGAOVERRIDE = False
OMEGASTEP = 1.0
reallystart = 1196355869.1159999